Las consecuencias tanto del Levely como del ataque a Onigashima, así como la desaparición del Reino de Lulusia, provocan cambios importantes en todo el mundo que podrían conducir a una guerra global. Los Sombrero de Paja, siguiendo su Log Pose, llegan a la misteriosa y futurista isla Egghead, donde reside el súper genio Dr. Vegapunk. Sin embargo, después de recibir un aviso sobre la investigación de Vegapunk sobre el Siglo del Vacío, el Gobierno Mundial decide enviar un equipo CP0 para asesinar a Vegapunk. La traición y la intriga por todas partes conducen a un asedio de los marines en la isla que se convertirá en un incidente que conmocionará al mundo. Esta saga se compone de dos arcos argumentales: Egghead Arc y Elbaf Arc.
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